Obec Jalšovík leží v južnej časti stredného Slovenska, juhovýchodnej časti Krupinskej planiny. V súčasnosti patrí do okresu Krupina. Katastrálne územie obce Jalšovík susedí s katastrálnymi územiami obcí Bzovík, Horný Badín, Kozí Vrbovok, Zemiansky Vrbovok a Dolné Mladonice. Stredom obce preteká potok Jalšovík. Pramení v lokalite pod Žobrákom, severne od obce Horné Mladonice a vlieva sa do Krupinice, západne od obce Dolný Badín. Nadmorská výška nameraná v strede obce je 348 m n. m. a v chotári sa pohybuje v rozmedzí od 325 m n. m. do 408 m n. m.
Geologický podklad tvoria andenzitické tufity s hlbokou pokrývkou hliny, ktoré vznikli dlhodobým vývojom zo sopečného materiálu. Pôda o celkovej výmere 596 ha je väčšinou ilimerizovaná (hlinitá). Na východnej a západnej strane je obec lemovaná kopcami. Strmši eúbočia sú porastené dubovými lesmi. Klimaticky je obec zaradená do mierne teplej oblasti.